（一）研究生教育創(chuàng)立階段（1949年以前）

1942年7月，經(jīng)教育部批準，江蘇醫(yī)學院成立醫(yī)學研究所，同年8月下設寄生蟲學部，由部聘教授洪式閭博士兼主任，12月招收第一屆研究生兼助教趙慰先一人。1943年8月，寄生蟲學部招收第二屆研究生王培信、王毓楹2人。王培信和趙慰先分別于1945年8月和1946年1月經(jīng)提交碩士論文并通過碩士考試后，經(jīng)教育部復核審查通過授予碩士學位。

（二）研究生教育初期發(fā)展階段（1950-1977年）

新中國成立以后至1965年，學校共培養(yǎng)研究生14人。

1966年，由于發(fā)生了“文化大革命”，通過研究生入學考試的研究生沒能入學。學校共有4人。

（三）研究生教育恢復及發(fā)展階段（1978-1999年）

1978年，南京醫(yī)學院招收碩士研究生22名。1981年，學校被國務院學位委員會批準為首批博士學位授予單位，趙慰先教授為我國第一批博士生指導教師。同年，學校招收博士研究生管曉虹1名。

1986年，國務院學位委員會、國家教育委員會、衛(wèi)生部批準學校開展《培養(yǎng)醫(yī)學博士（臨床醫(yī)學）研究生》的試點工作。國家教育委員會批準學校為首批推薦優(yōu)秀應屆本科畢業(yè)生免試為碩士研究生的試點單位。國務院學位委員會批準學校為第二批在職人員以畢業(yè)研究生同等學力申請碩士學位試點單位。

1987年，國家教育委員會批準學校選派博士研究生與國外合作培養(yǎng)，經(jīng)申請，同意學校內(nèi)科心血管研究室陳慶博士與美國哥倫比亞大學生化研究室進行科研合作培養(yǎng)。

1991年，國務院學位委員會劉天培教授為第三屆國務院學位委員會學科評審組成員，學校首次有專家進入國務院學位委員會學科評審組。

1995年，國務院學位辦下發(fā)了《關于改革博士生指導教師的審核辦法》，博士生指導教師的審核由招生單位自行審定。1981-1995年，學校共有寄生蟲學趙慰先、兒科學姜新猷、內(nèi)科學張忠邦、內(nèi)科學王敬良、藥理學劉天培、寄生蟲學沈一平、寄生蟲學葉炳輝、內(nèi)科學陳家偉、內(nèi)科學馬文珠、藥理學饒曼人、寄生蟲學吳觀陵、內(nèi)科學黃元鑄、內(nèi)科學張寄南、皮膚病與性病學朱文元14名教授被國務院學位辦批準為博士生指導教師。

（四）研究生教育快速發(fā)展階段（2000-2009年）

進入新世紀，學校先后建立了國家重點學科3個，國家重點學科（培育）學科1個；省級重點學科21個；校級重點學科23個。逐步形成了國家級、省級、校級三級重點學科建設體系，隨之研究生教育進入快速發(fā)展時期。截至2009年共有博士學位授權一級學科3個（基礎醫(yī)學、臨床醫(yī)學、公共衛(wèi)生與預防醫(yī)學）、博士專業(yè)學位授權一級學科2個（臨床醫(yī)學和口腔醫(yī)學）;碩士學位授權一級學科9個、碩士專業(yè)學位授權一級學科7個;博士后科研流動站5個,學位授權點已覆蓋醫(yī)學、理學、工學和法學4個學科門類。研究生招生規(guī)模、種類不斷擴大。

（五）研究生教育內(nèi)涵發(fā)展階段（2010年至今）

進入新世紀第二個十年，研究生招生規(guī)模增長速度整體有所放緩，研究生教育由外延式擴張階段逐步向內(nèi)涵式發(fā)展階段轉變，提高質量是研究生教育發(fā)展的核心任務。以國家需求為導向，學校調(diào)整學科專業(yè)布局，優(yōu)化人才供給結構?，F(xiàn)有一級學科博士學位授權點7個、二級學科博士學位授權點54個、交叉學科博士學位授權點6個、專業(yè)博士學位授權點3個；一級學科碩士學位授權點10個、二級學科碩士學位授權點65個、專業(yè)碩士學位授權點9個；博士后科研流動站6個，學位授權點覆蓋醫(yī)學、理學、工學、管理學、法學和教育學6個學科門類。公共衛(wèi)生與預防醫(yī)學學科入選國家“雙一流”建設學科，在學科評估中獲評A+等級。截至2023年，13個學科位列ESI全球排名前1%，其中，臨床醫(yī)學學科、藥理學與毒理學學科位列ESI全球排名前1‰。

恢復研究生教育后，學校40年學歷教育研究生發(fā)展情況（1978年-）

南京醫(yī)科大學現(xiàn)有博士后流動站

（2024年3月更新）