1934年，江蘇省立醫(yī)政學(xué)院在鎮(zhèn)江北固山麓建立。

因抗戰(zhàn)形勢，1937年11月，學(xué)校西遷。

因抗戰(zhàn)形勢，1937年11月，學(xué)校西遷，1938年，更名為國立江蘇醫(yī)學(xué)院，經(jīng)兩湖、再貴陽，終在重慶北碚復(fù)校。

1946年9月，學(xué)校從重慶北碚遷回鎮(zhèn)江原址復(fù)校。1949年4月，鎮(zhèn)江解放，學(xué)校更名江蘇醫(yī)學(xué)院。

1957年，江蘇醫(yī)學(xué)院由鎮(zhèn)江遷址南京辦學(xué)，同年更名為南京醫(yī)學(xué)院。

1970年，學(xué)校與南京中醫(yī)學(xué)院合并成為江蘇新醫(yī)學(xué)院。

1978年，江蘇新醫(yī)學(xué)院原南京醫(yī)學(xué)院部分改建為（恢復(fù)）南京醫(yī)學(xué)院，其主體后來發(fā)展成為南京醫(yī)科大學(xué)。

1993年12月3日，原國家教委正式批準(zhǔn)學(xué)校更名為南京醫(yī)科大學(xué)。

2003年，南京醫(yī)科大學(xué)江寧校區(qū)正式啟用。

2015年9月21日，江蘇省人民政府、原國家衛(wèi)生計生委、教育部聯(lián)合發(fā)文，決定共建南京醫(yī)科大學(xué)，學(xué)校正式列入部委省共建高校，同年11月，學(xué)校召開部委省共建動員大會。

2017年，南京醫(yī)科大學(xué)入選江蘇高水平大學(xué)建設(shè)行列。圖為學(xué)校召開學(xué)科建設(shè)暨江蘇高水平大學(xué)建設(shè)工作推進(jìn)會。

2021年，南京醫(yī)科大學(xué)入選江蘇高水平大學(xué)建設(shè)高峰計劃（A類）。

2022年，南京醫(yī)科大學(xué)入選國家“雙一流”建設(shè)高校、公共衛(wèi)生與預(yù)防醫(yī)學(xué)入選“雙一流”建設(shè)學(xué)科。

2022年，南京醫(yī)科大學(xué)入選教育部高水平公共衛(wèi)生學(xué)院建設(shè)高校。